一般情况下，正规的银行贷款是不会从本金中扣除费用的，如果银行自己从贷款本金中扣除费用，那就不是合不合理的问题，而是违规的问题。
前几年，我国银行业的贷款收费相对比较乱，各种收费名目都有，比如跟贷款有关的评估费，抵押登记费，保险费，融资服务费，财务顾问费等等费用五花八门。这些费用加起来并不少，可能占到贷款额度的3%~5%之间。
贷款100万，目前贷款利率是4.9%，就算银行上浮50%，实际的利率也就是7.35％左右，但贷款客户实际付出的成本可能有10%左右，这里面多出的费用就是被银行以各种费用名目收取的，这些费用，让银行变得更加肥硕，但却增加了融资客户的融资成本。
所以最近几年为了降低中小企业融资成本，遏制银行不合理的收费行为，监管部门也出台了不少监管政策对银行进行规范。
首先，银行贷款肯定不会出现砍头息。
贷款100万被扣除了3%的手续费，实际到手97万，这种就叫砍头息。而我国《合同法》第200条明确规定，借款的利息不得预先在本金中扣除，利息，预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。
根据这个法律规定，如果你实际拿到手的钱只有97万，那就按97万计算利息，而且还本金的时候只需要还97万就可以了。
这个法律规定银行肯定是不敢触碰的，毕竟银行还是比较正规，不敢做这些明目张胆的违法行为。所以正常情况下你去银行贷款，银行肯定是按照本金足额打到你账户上，不可能从本金中扣除只给到你97万额度。
当然除了这个砍头息，银行可能会以其他项目向你收费，但如果收费不合理，那也是违规的。
比如2016年发改委发布了《商业银行收费行为执行指南》，其中第16条明确规定，商业银行以信贷方式提供融资时，应当区分工作职责和有偿服务。对于根据相关规定，在信贷业务中开展的尽职调查、贷款发放、支付管理、贷后管理等应尽的工作内容，不属于实质性有偿服务。
另外第21条规定，商业银行应当承担合理的业务成本，不得转嫁。认定转嫁成本的考虑因素具体包括但不限于： 融资过程中需要办理公证、登记、保险、评估等业务时，按照法律、法规、规章规定或者合同约定应由商业银行承担费用的，是否将相关费用转嫁给客户承担。
所以目前银行在收费的时候都会比较谨慎，即便有一些项目收费也必须合理，而且必须明码标价才可以，而且这些费用在放款之前一般都会让你先交。
你说贷款100万到手97万，我觉得最有可能的两种情况是，要么被银行信贷人员自己给坑了，要么就是被中介收费了。
第1种可能是被银行工作人员自己给坑了。
去银行贷款，大家接触最多的就是银行的客户经理，而现在有一些银行客户经理并不安分，在帮客户办理贷款的时候，都会跟客户约定，要收取一定的好处费，如果在银行正式发放贷款之后，这些信贷经理会从客户的银行卡中扣除一部分费用到自己掌控的一些别人账户上，费用标准一般是1%~3%不等，如果是这种情况，那你可以把银行信贷员投诉到银行里面去，这样这个信贷员就有可能被处罚。不过这么做之后，你以后在这家银行贷款估计就会相对较难了。
第2种情况、你不是直接去银行贷款，而是找中介帮你办理。
大家可能经常接到一些贷款电话号称是银行贷款，但实际上这些人本身不是银行的工作人员，只不过是中介机构，他们跟银行有长期的业务合作关系，所以可以帮客户从银行拿到贷款，但是他们要收取一个服务费，这个服务费不同的机构收费标准不一样，正常情况下是2％~5%不等。
不过目前一些正规的中介机构，在收取服务费的时候都会提前跟客户签订相关的协议，只要你签订了这个融资服务协议，那中介收费就是合理的，当然收费太高的除外。
但是如果中介机构没有签订相关的协议，完全就是乱收费或者是在协议之外额外收取一些费用，那就是不合理的。
贷款100万，银行还要收取3%的手续费，这种方式，不仅不合理，简直就是违规违法！一旦被举报或被监管部门查到，那可不是简单的罚款就能解决的事情！手续费，肯定不是银行收取的，应该是贷款中介（或第三方）收取的服务费用！
其实，这个是手续费的确是有，不过不是银行扣留的，一般都是贷款中介的服务费用。要知道，很多人信用有瑕疵、或者不符合贷款标准，此时贷款中介就会通过“内部”渠道，替借款人协调银行、疏通关系、配合做账面流水，直至银行放贷为止。
100万以内，收取总额的1%~3%（最低1万元），申请贷款前支付50%，银行放贷后支付余款！一般不同的贷款，收取的标准也不一样，比如，相对容易办理个人住房贷款、信用贷款，手续费的比例会低一点；而难度比较大的抵押贷款，手续则要高一点！
100万元以上，收取贷款额度的0.5%~1.5%之间，金额越大、手续费收取的比例也越低！
贷款中介在协调办理贷款的过程中，还会吃饭、喝酒、抽烟，这些也是一大笔“隐性”的费用！
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